La Corte Centroamericana de Justicia (conocida como Corte de Managua o Tribunal Centroamericano), fue creada para decidir sobre las controversias en el Sistema (Artículos 12 y 35 del Protocolo de Tegucigalpa). Dice el Art. 12 citado, que La Corte se regulará por el Estatuto. Este instrumento fue suscrito por todos los Estados Centroamericanos, en Panamá, el 10 de diciembre de 1992.

Ha sido ratificado por cuatro Estados, Guatemala, Honduras, El Salvador y Nicaragua.

Conforme el artículo 4o del Convenio de Estatuto, La Corte emitió su Ordenanza de Procedimientos, vigente desde enero de 1995 y que se define como el "instrumento jurídico dictado por La Corte, que determina y regula el procedimiento y la forma de ejercer las funciones jurisdiccionales de la misma". Establece la estructura del Tribunal, señala sus atribuciones de competencia y los procedimientos a seguirse.

El Reglamento General de La Corte regula la organización y ejercicio de la función administrativa y está vigente desde octubre de 1995 aprobado por el Tribunal.

Son instrumentos de funcionamiento, el Acuerdo de Sede entre La Corte y el Gobierno de Nicaragua, y el Reglamento de Adquisiciones.