La Corte está integrada por dos Magistrados Titulares por cada uno de los Estados que suscribieron el convenio de Estatuto de la misma y para quienes se encuentre vigente, teniendo cada Magistrado titular su correspondiente suplente.

Tanto los Magistrados Titulares como los suplentes son designados por las Cortes Supremas de Justicia de sus respectivos países y deberán reunir además de las condiciones exigidas para el ejercicio de las más altas funciones judiciales en sus respectivos Estados alta consideración moral. 

Una vez efectuada la designación del Magistrado deberá, a más tardar treinta días después de su nominación prestar, ante el Consejo Judicial Centroamericano, el juramento de que ejercerá sus funciones a conciencia y con justicia, con absoluta imparcialidad e independencia y que guardará el debido secreto en relación a las deliberaciones de La Corte.

La Corte tiene un Presidente y un Vicepresidente que ejercerán sus cargos durante un año. La Presidencia será ejercida sucesivamente por uno de los Magistrados Titulares en el orden alfabético de los nombres de sus respectivos Estados. El Vicepresidente electo deberá ser siempre de distinta nacionalidad a la del Presidente. En caso de que nuevos Magistrados de Estados Miembros se incorporen a La Corte, les corresponderá el ejercicio de la Presidencia respetando el orden alfabético mencionado hasta después de haberse agotado el orden de los integrantes iniciales que determinaron su vigencia.